راهنمای کامل تجزیه و تحلیل داده‌های سینگل‌سل

آنالیز داده‌های سینگل‌سل

توالی‌یابی RNA تک‌سلولی (scRNA-seq) امکان مطالعه بیان ژن‌ها را با دقت و وضوح بی‌سابقه‌ای فراهم کرده است. این فناوری نوین به دلیل پتانسیل بالا، توجه گسترده‌ای از پژوهشگران را به خود جلب کرده است. با افزایش تعداد و تنوع ابزارهای تحلیلی، مدیریت و ایجاد یک روند کاری به‌روز برای تحلیل داده‌های فردی به‌طور فزاینده‌ای پیچیده‌تر شده است. در این مطلب، مقاله‌ای را معرفی می‌کنیم که مراحل مختلف تحلیل معمول توالی‌یابی RNA تک‌سلولی را به‌طور جامع توضیح داده است. همچنین، توصیه‌های بهترین شیوه‌های فعلی برای هر مرحله ارائه شده است.

اهمیت تکنیک scRNA-seq

در سال‌های اخیر، دانشمندان با استفاده از توالی‌یابی RNA تک‌سلولی (scRNA-seq) به‌طور چشمگیری دانش خود را از سیستم‌های زیستی افزایش داده‌اند. این فناوری امکان بررسی ناهمگونی سلولی در گونه‌های مختلفی را فراهم کرده و به کشف جمعیت‌های سلولی پیش‌تر ناشناخته کمک نموده است. با وجود تلاش‌های فراوان برای افزایش سهولت استفاده از ابزارها، یکی از چالش‌های اصلی ورود کاربران به این حوزه، نبود استانداردسازی کافی این حوزه است.

پایپلاین آنالیز داده‌های سینگل‌سل

Malte D. Luecken و همکارانش در مقاله‌ای راهنمای گام‌به‌گام بهترین شیوه‌های فعلی تحلیل داده‌های scRNA-seq را ارائه کرده‌اند. هدف این مقاله، ایجاد پایه‌ای برای استانداردسازی‌های آینده است. یکی از چالش‌های اصلی این حوزه، افزایش زیاد تعداد روش‌های تحلیلی است که تا ۷ مارس ۲۰۱۹ به ۳۸۵ ابزار رسیده‌اند.

چالش‌های فنی و محدودیت‌های پلتفرم‌ها

ابزارهای تحلیل داده‌های scRNA-seq با زبان‌های برنامه‌نویسی مختلفی نوشته شده‌اند که مهم‌ترین آن‌ها R و پایتون هستند. پلتفرم‌هایی مانند Seurat، Scater و Scanpy محیط‌هایی یکپارچه و جعبه‌ابزارهای جامعی برای تحلیل فراهم می‌کنند، اما این پلتفرم‌ها فقط با زبان برنامه‌نویسی خود سازگار هستند. همین موضوع محدودیت‌هایی در آموزش‌ها ایجاد کرده و بسیاری از آموزش‌ها روی این پلتفرم‌ها متمرکزند. به همین دلیل، مقاله به جای معرفی یک پایپلاین استاندارد، بهترین شیوه‌ها و ابزارهای رایج مستقل از زبان برنامه‌نویسی را معرفی می‌کند.

بررسی مسیر آنالیز داده‌های سینگل‌سل

جمع‌بندی

اگر می‌خواهید یک مطالعه موردی جامع را ببینید که بهترین شیوه‌های تثبیت‌شده را در قالب یک گردش کار عملی ترکیب کرده است، بر روی این لینک کلیک کنید. اصل این مقاله را نیز با کلیک کردن بر روی این لینک مطالعه کنید. این مرور به‌عنوان یک راهنمای آموزشی برای تازه‌واردان به حوزه تجزیه و تحلیل داده‌های تک‌سلولی عمل می‌کند و به کاربران با تجربه کمک می‌کند تا روش‌های تحلیلی خود را به‌روزرسانی کنند.