100 سایت بیوانفورماتیکی برتر در تمام دوران

اهمیت سایت بیوانفورماتیکی در علم بیوانفورماتیک

در دنیای امروز، بیوانفورماتیک به یکی از مهم‌ترین حوزه‌های علمی تبدیل شده است که به ترکیب علم زیست‌شناسی و علوم داده می‌پردازد. با توجه به افزایش مداوم داده‌های زیستی و نیز پیچیدگی آن‌ها، نیاز به ابزارها و همچنین پایگاه‌های داده‌های پیشرفته برای تجزیه و تحلیل این اطلاعات به شدت احساس می‌شود. در همین راستا، وب‌سایت‌ها و منابع آنلاین متعددی ایجاد شده‌اند تا پژوهشگران و دانشجویان بتوانند به اطلاعات، داده‌ها و ابزارهای مورد نیاز خود دسترسی پیدا کنند.

معرفی ۱۰۰ سایت بیوانفورماتیکی برتر

در این مقاله از سری پست‌های کمپ بیوانفورماتیک، قصد داریم ۱۰۰ وب‌سایت معتبر و شناخته‌شده در زمینه بیوانفورماتیک را معرفی کنیم. این وب‌سایت‌ها نه‌تنها در ارائه ابزارها و داده‌های مرتبط با بیوانفورماتیک نقش حیاتی ایفا کرده‌اند، بلکه به گسترش تحقیقات علمی در سطح جهانی کمک کرده و همچنین فرآیند یادگیری و آموزش را برای محققان تسهیل نموده‌اند. این منابع می‌توانند به عنوان مرجعی کلیدی برای پژوهشگران در تمامی سطوح علمی و دانشگاهی مورد استفاده قرار گیرند.

1 تا 10

1. NCBI BLAST – blast.ncbi.nlm.nih.gov
   BLAST یکی از ابزارهای معروف برای جستجوی توالی‌های مشابه است و به پژوهشگران این امکان را می‌دهد تا توالی‌های ژنتیکی را با پایگاه‌های داده مقایسه کنند و شباهت‌های توالی را بررسی کنند.
2. HUGO Gene Nomenclature Committee (HGNC) – genenames.org
   HGNC به تعیین و استانداردسازی نام‌های ژن‌ها اختصاص دارد و همچنین پایگاه داده‌ای برای جستجوی نام‌های ژن و ویژگی‌های مربوط به آن‌ها فراهم می‌کند.
3. Eukaryotic Promoter Database (EPD) – epd.epfl.ch
   EPD یک سایت بیوانفورماتیکی و پایگاه داده‌ای برای توالی‌های پروموتری در یوکاریوت‌ها است و ابزارهایی برای شناسایی و تحلیل پروموترها در ژنوم‌های مختلف ارائه می‌دهد.
4. Phylogeny.fr – phylogeny.fr
   این وب‌سایت به ارائه ابزارهایی برای ساخت و تحلیل درخت‌های فیلوژنتیک اختصاص دارد و همچنین به محققان کمک می‌کند تا روابط تکاملی بین گونه‌ها را بررسی کنند.
5. EMBL-EBI Metagenomics – ebi.ac.uk/metagenomics
   این پایگاه داده به تحلیل داده‌های متاژنومیک اختصاص دارد و ابزارها و منابعی برای مطالعه تنوع میکروبی و تعاملات میکروبی فراهم می‌کند.
6. miRBase – mirbase.org
   miRBase پایگاه داده‌ای برای توالی‌های miRNA است و به پژوهشگران امکان می‌دهد تا توالی‌ها و ویژگی‌های miRNA را جستجو و تحلیل کنند.
7. OMIM – omim.org
   OMIM پایگاه داده‌ای برای اختلالات ژنتیکی و بیماری‌های انسانی است و اطلاعات گسترده‌ای در مورد ژن‌ها و اختلالات ژنتیکی مرتبط با آن‌ها ارائه می‌دهد.
8. CRISPRdb – crispr.i2bc.paris-saclay.fr
   این پایگاه داده به اطلاعات مربوط به سیستم CRISPR اختصاص دارد و ابزارهایی برای شناسایی و تحلیل توالی‌های CRISPR و پروتئین‌های مرتبط فراهم می‌کند.
9. GTEx Portal – gtexportal.org
   GTEx Portal به ارائه داده‌های بیان ژنی در بافت‌های مختلف بدن انسان اختصاص دارد و همچنین ابزارهایی برای تحلیل و تجزیه و تحلیل داده‌های بیان ژنی فراهم می‌کند.
10. CATH – cathdb.info
    CATH پایگاه داده‌ای برای ساختارهای سه‌بعدی پروتئین‌ها است و به پژوهشگران این امکان را می‌دهد تا طبقه‌بندی ساختارهای پروتئینی و ویژگی‌های ساختاری آن‌ها را مطالعه کنند.

11 تا 20

1. SUPERFAMILY – superfam.org
   این پایگاه داده به طبقه‌بندی و تحلیل خانواده‌های پروتئینی و دامنه‌های ساختاری اختصاص دارد و ابزارهایی برای پیش‌بینی ویژگی‌های ساختاری پروتئین‌ها فراهم می‌کند.
2. PDBsum – pdbsum.org
   PDBsum یک سایت بیوانفورماتیکی و یک منبع مفید برای تحلیل و بررسی ساختارهای پروتئینی است و به محققان خلاصه‌ای از ویژگی‌های ساختاری و بیوشیمیایی پروتئین‌ها ارائه می‌دهد.
3. RCSB PDB – rcsb.org
   RCSB PDB یکی از پایگاه‌های اصلی برای ساختارهای سه‌بعدی پروتئین‌ها و نانوذرات زیستی است و ابزارهایی برای تجزیه و تحلیل ساختارهای بیولوژیکی فراهم می‌کند.
4. IMG – img.jgi.doe.gov
   IMG پایگاه داده‌ای برای داده‌های متاژنومیک و ژنومیک است که ابزارهایی برای تحلیل و مقایسه داده‌های ژنومی و متاژنومیک فراهم می‌کند.
5. Genomic Data Commons (GDC) – gdc.cancer.gov
   GDC به‌عنوان یک پایگاه داده جامع برای داده‌های ژنومی سرطان شناخته می‌شود و به پژوهشگران امکان می‌دهد داده‌های مربوط به سرطان را جستجو و تحلیل کنند.
6. PhosphoSitePlus – phosphosite.org
   این پایگاه داده به شناسایی و تحلیل مکان‌های فسفوریلاسیون در پروتئین‌ها اختصاص دارد و اطلاعات دقیقی در مورد اصلاحات پس از ترجمه ارائه می‌دهد.
7. ArrayExpress – ebi.ac.uk/arrayexpress
   ArrayExpress پایگاه داده‌ای برای داده‌های میکروآرایه و سایر تکنیک‌های بیان ژنی است و ابزارهایی برای جستجو و تحلیل داده‌های بیان ژنی فراهم می‌کند.
8. Human Protein Atlas – proteinatlas.org
   این وب‌سایت اطلاعات گسترده‌ای در مورد بیان و توزیع پروتئین‌ها در بافت‌های انسانی ارائه می‌دهد و به پژوهشگران کمک می‌کند تا اطلاعات پروتئینی را در زمینه‌های مختلف بررسی کنند.
9. COSMIC – cancer.sanger.ac.uk/cosmic
   COSMIC پایگاه داده‌ای برای جهش‌های سرطان و اطلاعات ژنومی مرتبط با آن‌ها است و به تحلیل داده‌های ژنومی سرطان کمک می‌کند.
10. PANTHER – pantherdb.org
    PANTHER پایگاه داده‌ای برای طبقه‌بندی و تحلیل ژن‌ها و پروتئین‌ها است و ابزارهایی برای پیش‌بینی عملکرد و طبقه‌بندی پروتئین‌ها فراهم می‌کند.

21 تا 30

1. Pfam – pfam.xfam.org
   Pfam یکی از پایگاه‌های اصلی برای مطالعه خانواده‌های پروتئینی و دامنه‌های ساختاری است و ابزارهایی برای پیش‌بینی و تحلیل دامنه‌های پروتئینی ارائه می‌دهد.
2. MEROPS – ebi.ac.uk/merops
   MEROPS پایگاه داده‌ای برای پروتئازها و مهارکننده‌های آن‌ها است و اطلاعات گسترده‌ای در مورد عملکرد و ساختار این آنزیم‌ها فراهم می‌کند.
3. KOBAS – kobas.cbi.pku.edu.cn
   KOBAS ابزارهایی برای تحلیل و پیش‌بینی مسیرهای بیوشیمیایی و شبکه‌های متابولیکی فراهم می‌کند و به مطالعه عملکرد ژن‌ها و پروتئین‌ها در سیستم‌های زیستی کمک می‌کند.
4. GeneMANIA – genemania.org
   GeneMANIA به‌عنوان ابزاری برای پیش‌بینی تعاملات ژن‌ها و پروتئین‌ها شناخته می‌شود و به پژوهشگران امکان می‌دهد شبکه‌های ژنومی و پروتئینی را تحلیل کنند.
5. Clustal Omega – ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo
   این ابزار یک سایت بیوانفورماتیکی برای هم‌تراز کردن چندگانه توالی‌های پروتئینی و DNA استفاده می‌شود و به تحلیل و مقایسه توالی‌های زیستی کمک می‌کند.
6. T-Coffee – tcoffee.org
   T-Coffee ابزاری برای هم‌تراز کردن توالی‌ها است و به‌عنوان یک پلتفرم برای تحلیل توالی‌های بیولوژیکی و پیش‌بینی ساختارهای پروتئینی مورد استفاده قرار می‌گیرد.
7. MEME Suite – meme-suite.org
   MEME Suite به شناسایی الگوهای توالی‌های DNA و پروتئین‌ها اختصاص دارد و ابزارهایی برای پیش‌بینی و تحلیل موتیف‌ها و الگوهای توالی فراهم می‌کند.
8. PhyML – phylogeny.lirmm.fr/phyml
   PhyML ابزاری برای ساخت و تحلیل درخت‌های فیلوژنتیک است و به پژوهشگران امکان می‌دهد تا روابط تکاملی بین گونه‌ها را مدل‌سازی کنند.
9. ModBase – modbase.compbio.ucsf.edu
   ModBase پایگاه داده‌ای برای مدل‌های ساختاری پروتئین‌ها است و ابزارهایی برای پیش‌بینی و تحلیل ساختارهای پروتئینی فراهم می‌کند.
10. DAVID Bioinformatics Resources – david.ncifcrf.gov
    DAVID ابزارهایی برای تحلیل داده‌های زیستی و بیوانفورماتیکی فراهم می‌کند و به‌ویژه برای تحلیل داده‌های ژنومی و بیوشیمیایی استفاده می‌شود.

31 تا 40

1. BiGG Models – bigg.ucsd.edu
   BiGG Models به مدل‌سازی و تحلیل شبکه‌های متابولیکی اختصاص دارد و به پژوهشگران کمک می‌کند تا مسیرهای متابولیکی و واکنش‌های بیوشیمیایی را مطالعه کنند.
2. MINT – mint.bio.uniroma2.it
   MINT پایگاه داده‌ای برای تعاملات پروتئینی است و به ارائه داده‌های مربوط به شبکه‌های تعاملی پروتئین‌ها اختصاص دارد.
3. PSLT – phylogeny.uconn.edu/pslt
   PSLT ابزارهایی برای تحلیل درخت‌های فیلوژنتیک و شبکه‌های تکاملی فراهم می‌کند و به پژوهشگران کمک می‌کند تا روابط بین گونه‌ها را بررسی کنند.
4. Arabidopsis Information Resource (TAIR) – arabidopsis.org
   TAIR پایگاه داده‌ای برای اطلاعات مربوط به Arabidopsis thaliana است و به پژوهشگران امکان می‌دهد تا داده‌های ژنتیکی و بیوشیمیایی این گیاه مدل را تحلیل کنند.
5. LocusZoom – locuszoom.org
   LocusZoom یک سایت بیوانفورماتیکی و ابزارهایی برای تجزیه و تحلیل داده‌های ژنومیک و نمایش نتایج تجزیه و تحلیل به‌صورت بصری فراهم می‌کند.
6. RNAcentral – rnacentral.org
   RNAcentral پایگاه داده‌ای برای توالی‌های RNA است و به محققان این امکان را می‌دهد تا اطلاعات مربوط به انواع مختلف RNA را جستجو و تحلیل کنند.
7. OrthoDB – orthodb.org
   OrthoDB پایگاه داده‌ای برای ژن‌های همولوگ و روابط تکاملی بین ژن‌ها است و ابزارهایی برای تحلیل و شناسایی ژن‌های همولوگ فراهم می‌کند.
8. UCSC Table Browser – genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables
   UCSC Table Browser ابزاری برای جستجو و استخراج داده‌های ژنومی از پایگاه داده UCSC Genome Browser است و به پژوهشگران امکان می‌دهد داده‌های ژنومیک را به‌صورت سفارشی تحلیل کنند.
9. WebLogo – weblogo.berkeley.edu
   WebLogo ابزاری برای ایجاد و تحلیل لوگوهای توالی است و به پژوهشگران کمک می‌کند تا الگوهای توالی DNA و پروتئین را بصری نمایند.
10. Primer3 – primer3.ut.ee
    Primer3 ابزاری برای طراحی پرایمرهای PCR است و به پژوهشگران کمک می‌کند تا پرایمرهای مناسب برای آزمایش‌های مولکولی طراحی کنند.

41 تا 50

1. MEME – meme-suite.org/meme
   MEME ابزاری برای شناسایی و تحلیل موتیف‌های توالی DNA و پروتئین است و به پژوهشگران کمک می‌کند تا الگوهای خاص در توالی‌های بیولوژیکی را شناسایی کنند.
2. I-TASSER – zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER
   I-TASSER یک سایت بیوانفورماتیکی و ابزاری برای پیش‌بینی ساختارهای پروتئینی و مدل‌سازی ساختاری است و به تحلیل ساختار و عملکرد پروتئین‌ها کمک می‌کند.
3. GSEA – gsea-msigdb.org/gsea/index.jsp
   GSEA ابزاری برای تحلیل و شناسایی مسیرهای بیوشیمیایی و مجموعه‌های ژنی در داده‌های بیان ژنی است و به پژوهشگران امکان می‌دهد تا روندهای بیوشیمیایی را مدل‌سازی کنند.
4. SWISS-MODEL – swissmodel.expasy.org
   SWISS-MODEL ابزاری برای مدل‌سازی ساختاری پروتئین‌ها است و به پیش‌بینی و تحلیل ساختارهای پروتئینی بر اساس توالی‌های اولیه کمک می‌کند.
5. HMMER – hmmer.org
   HMMER ابزاری برای تحلیل و جستجوی توالی‌های بیولوژیکی با استفاده از مدل‌های مارکوف پنهان است و به شناسایی دامنه‌های پروتئینی و ساختارهای توالی کمک می‌کند.
6. MEME-ChIP – meme-suite.org/tools/meme-chip
   MEME-ChIP ابزارهایی برای تحلیل موتیف‌های توالی و داده‌های CHIP-Seq فراهم می‌کند و به شناسایی و تحلیل الگوهای توالی در داده‌های CHIP-Seq کمک می‌کند.
7. EVcouplings – evcouplings.org
   EVcouplings ابزاری برای مدل‌سازی و تحلیل تعاملات بین توالی‌های پروتئینی و پیش‌بینی ویژگی‌های ساختاری پروتئین‌ها است.
8. PHAST – phast.wishartlab.com
   PHAST یک سایت بیوانفورماتیکی و ابزاری برای تحلیل و پیش‌بینی ساختارهای توالی DNA و پروتئین است و به شناسایی و تحلیل موتیف‌های توالی کمک می‌کند.
9. iHOP – ihop-net.org/UniPub/iHOP
   iHOP پایگاه داده‌ای برای جستجو و مرور اطلاعات علمی از مقالات زیست‌پزشکی و بیولوژیکی است و به پژوهشگران کمک می‌کند تا اطلاعات مربوط به ژن‌ها و پروتئین‌ها را پیدا کنند.
10. DrugBank – drugbank.ca
    DrugBank پایگاه داده‌ای برای اطلاعات دارویی و تعاملات دارویی است و به پژوهشگران و داروسازان امکان می‌دهد تا اطلاعات دقیقی در مورد داروها و تعاملات آن‌ها کسب کنند.

51 تا 60

1. DrugCentral – drugcentral.org
   DrugCentral به ارائه داده‌های جامع در مورد داروها، ترکیبات و مکانیزم‌های عمل داروها اختصاص دارد و ابزارهایی برای جستجو و تحلیل اطلاعات دارویی فراهم می‌کند.
2. RCSB Protein Data Bank Ligand Expo – ligand-expo.rcsb.org
   این پایگاه داده به تحلیل و بررسی لیگاندها و تعاملات آن‌ها با پروتئین‌ها اختصاص دارد و اطلاعات دقیقی در مورد لیگاندها و ساختارهای آن‌ها فراهم می‌کند.
3. ToxCast – epa.gov/chemical-research/toxicity-forecaster-toxcasttm-data
   ToxCast پایگاه داده‌ای برای ارزیابی سمیت مواد شیمیایی است و به پژوهشگران کمک می‌کند تا اطلاعات مربوط به اثرات سمی مواد شیمیایی را بررسی کنند.
4. Biomart – biomart.org
   Biomart ابزاری برای جستجو و تحلیل داده‌های بیولوژیکی و ژنومی است و به پژوهشگران امکان می‌دهد تا داده‌های مختلف را به‌طور یکپارچه جستجو و تحلیل کنند.
5. SwissADME – http://www.swissadme.ch
   SwissADME یک سایت بیوانفورماتیکی و یک ابزار آنلاین برای تحلیل خصوصیات فیزیکوشیمیایی و دارویی ترکیبات شیمیایی است. این پایگاه داده به پژوهشگران و توسعه‌دهندگان دارو کمک می‌کند تا ویژگی‌های مهمی مانند قابل جذب بودن، توزیع، متابولیسم، و حذف داروها را بررسی کنند. SwissADME به ویژه در مراحل اولیه توسعه دارو برای ارزیابی پتانسیل دارویی ترکیبات و پیش‌بینی ویژگی‌های بیولوژیکی آن‌ها کاربرد دارد.
6. VEGA ZZ – vegazz.net
   VEGA ZZ پایگاه داده‌ای برای آنالیز و مطالعه ساختارهای ژنومی و نقشه‌های کروموزومی است و ابزارهایی برای تجزیه و تحلیل داده‌های ژنومی فراهم می‌کند.
7. HapMap – sanger.ac.uk/resources/databases/hapmap.html
   HapMap پایگاه داده‌ای برای تنوع ژنتیکی انسان است و به تحلیل تنوع ژنتیکی و ارتباطات آن با ویژگی‌های مختلف انسانی کمک می‌کند.
8. TransFac – gene-regulation.com/pub/databases.html
   TransFac پایگاه داده‌ای برای اطلاعات مربوط به فاکتورهای رونویسی و تنظیمات ژنی است و ابزارهایی برای شناسایی و تحلیل فاکتورهای تنظیم‌کننده ژن فراهم می‌کند.
9. TIGER – bioinformatics.med.umich.edu/tiger
   TIGER پایگاه داده‌ای برای اطلاعات و تحلیل‌های ژنومیک است و به پژوهشگران ابزارهایی برای تحلیل داده‌های ژنومیک و مطالعه الگوهای ژنتیکی ارائه می‌دهد.
10. PROMO – alggen.lsi.upc.es
    PROMO ابزارهایی برای پیش‌بینی موتیف‌های فاکتورهای رونویسی و توالی‌های تنظیمی ارائه می‌دهد و به پژوهشگران کمک می‌کند تا الگوهای تنظیمی در توالی‌های DNA را شناسایی کنند.

61 تا 70

1. TOPCONS – topcons.net
   TOPCONS ابزاری برای پیش‌بینی ساختارهای پروتئینی و ارزیابی عملکرد ساختاری توالی‌های پروتئینی است و به تحلیل ساختار و عملکرد پروتئین‌ها کمک می‌کند.
2. PolyPhen-2 – genetics.bwh.harvard.edu/pph2
   PolyPhen-2 یک سایت بیوانفورماتیکی و ابزاری برای پیش‌بینی تأثیرات غیرطبیعی تغییرات توالی پروتئین‌ها بر عملکرد پروتئین‌ها است و به شناسایی و تحلیل تغییرات ژنتیکی کمک می‌کند.
3. SwissLipids – swisslipids.org
   SwissLipids پایگاه داده‌ای برای اطلاعات مربوط به لیپیدها است و به پژوهشگران امکان می‌دهد تا داده‌های مربوط به ساختار و عملکرد لیپیدها را جستجو و تحلیل کنند.
4. ViralZone – viralzone.expasy.org
   ViralZone پایگاه داده‌ای برای اطلاعات مربوط به ویروس‌ها است و به ارائه داده‌های جامعی در مورد ویژگی‌های ویروس‌ها، ساختار و ویژگی‌های بیولوژیکی آن‌ها می‌پردازد.
5. UniHI – unihi.org
   UniHI پایگاه داده‌ای برای تعاملات پروتئینی و ژنومیک است و به ارائه اطلاعاتی در مورد تعاملات پروتئین‌ها و عملکردهای آن‌ها در سیستم‌های زیستی کمک می‌کند.
6. BRENDA – brenda-enzymes.org
   BRENDA پایگاه داده‌ای برای آنزیم‌ها است و اطلاعات دقیقی در مورد ویژگی‌ها، عملکردها و تنظیمات آنزیم‌ها ارائه می‌دهد و به تحلیل فعالیت‌های آنزیمی کمک می‌کند.
7. Ensembl – www.ensembl.org
   Ensembl پایگاه داده‌ای جامع برای داده‌های ژنومیک است که به ارائه اطلاعات دقیق درباره توالی‌های ژنومی، آنالیز ژن‌ها و ویژگی‌های بیولوژیکی می‌پردازد و ابزارهای پیشرفته‌ای برای جستجو و تحلیل داده‌ها فراهم می‌کند.
8. UniProt – www.uniprot.org
   UniProt پایگاه داده‌ای برای اطلاعات پروتئینی است و به ارائه داده‌های جامعی در مورد توالی‌ها، ساختارها و عملکردهای پروتئین‌ها اختصاص دارد و ابزاری برای تحلیل و مقایسه پروتئین‌ها فراهم می‌کند.
9. European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI) – www.ebi.ac.uk
   EMBL-EBI یک سایت بیوانفورماتیکی و مجموعه‌ای از پایگاه‌های داده بیوانفورماتیکی و ابزارهای تحلیل را ارائه می‌دهد و به پژوهشگران کمک می‌کند تا داده‌های زیستی را جستجو، تحلیل و تفسیر کنند.
10. ExPASy – www.expasy.org
    ExPASy پایگاه داده‌ای برای تحلیل و تجزیه و تحلیل پروتئین‌ها و توالی‌های ژنومیک است و به ارائه ابزارهای پیشرفته برای شناسایی و تحلیل ویژگی‌های بیوشیمیایی و ساختاری پروتئین‌ها می‌پردازد.

71 تا 80

1. UCSC Genome Browser – genome.ucsc.edu
   UCSC Genome Browser ابزاری برای مرور و تحلیل داده‌های ژنومیک است و به پژوهشگران امکان می‌دهد تا داده‌های ژنومی را به‌صورت بصری بررسی کنند و به داده‌های ژنومیک سفارشی دسترسی داشته باشند.
2. GenBank – www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank
   GenBank پایگاه داده‌ای برای توالی‌های DNA است و به ارائه داده‌های توالی ژنتیکی از موجودات مختلف می‌پردازد و ابزاری برای جستجو و تحلیل توالی‌های ژنومی فراهم می‌کند.
3. DNA Data Bank of Japan – www.ddbj.nig.ac.jp
   DDBJ پایگاه داده‌ای برای توالی‌های ژنومی است که به جمع‌آوری، ذخیره و توزیع داده‌های توالی DNA از سراسر جهان پرداخته و به پژوهشگران ابزارهایی برای جستجو و تحلیل داده‌ها ارائه می‌دهد.
4. Pfam – pfam.xfam.org
   Pfam پایگاه داده‌ای برای اطلاعات مربوط به دامنه‌های پروتئینی است و به شناسایی و تحلیل ساختارهای عملکردی و توالی‌های پروتئینی کمک می‌کند.
5. Protein Data Bank – www.rcsb.org/pdb
   PDB پایگاه داده‌ای برای اطلاعات ساختاری پروتئین‌ها و سایر مولکول‌های بیولوژیکی است و به ارائه داده‌های سه‌بعدی و ساختاری پروتئین‌ها و نوکلئوتیدها می‌پردازد.
6. National Center for Biotechnology Information – www.ncbi.nlm.nih.gov
   NCBI مرکز اصلی برای دسترسی به منابع بیوانفورماتیک و داده‌های زیستی است. این پایگاه شامل ابزارها و پایگاه‌های داده‌ای نظیر GenBank، PubMed و BLAST است که به پژوهشگران در جستجو، تحلیل و تفسیر داده‌های ژنتیکی و بیولوژیکی کمک می‌کند. NCBI به عنوان یک منبع جامع برای اطلاعات زیستی و ابزارهای تحقیقاتی در سطح جهانی شناخته می‌شود.
7. Bioconductor – bioconductor.org
   Bioconductor مجموعه‌ای از ابزارها و بسته‌های نرم‌افزاری برای تحلیل داده‌های زیستی و بیوانفورماتیک است و به پژوهشگران در زمینه تحلیل داده‌های ژنومی و پروتئینی کمک می‌کند.
8. GeneCards – www.genecards.org
   GeneCards سایتی برای اطلاعات ژن‌ها است و به ارائه داده‌های جامع و یکپارچه در مورد ژن‌ها، عملکردها و ویژگی‌های آن‌ها اختصاص دارد.
9. KEGG – www.kegg.jp
   KEGG ابزاری برای تحلیل و مدل‌سازی مسیرهای بیوشیمیایی و ژنومی است و به پژوهشگران کمک می‌کند تا شبکه‌های متابولیکی و مسیرهای بیوشیمیایی را تحلیل کنند.
10. Gene Expression Omnibus – www.ncbi.nlm.nih.gov/geo
    GEO سایتی برای داده‌های بیان ژنی است و به ارائه داده‌ها و ابزارهایی برای تحلیل داده‌های بیان ژنی کمک می‌کند.

81 تا 90

1. Broad Institute – www.broadinstitute.org
   Broad Institute یک سایت بیوانفورماتیکی و مرکز تحقیقاتی پیشرفته‌ای است که به تحقیق و توسعه در زمینه ژنومیک و بیوانفورماتیک اختصاص دارد و ابزارهای نوآورانه‌ای برای تحلیل داده‌های زیستی ارائه می‌دهد.
2. InterPro – www.ebi.ac.uk/interpro
   InterPro پایگاه داده‌ای برای تحلیل و شناسایی دامنه‌ها و موتیف‌های پروتئینی است و به پژوهشگران کمک می‌کند تا ویژگی‌های ساختاری و عملکردی پروتئین‌ها را تحلیل کنند.
3. Swiss-Prot – www.uniprot.org/uniprot
   Swiss-Prot بخش تخصصی UniProt است که به ارائه داده‌های دقیق و اعتبارسنجی‌شده در مورد توالی‌ها و عملکرد پروتئین‌ها می‌پردازد و به پژوهشگران کمک می‌کند تا اطلاعات جامع‌تری درباره پروتئین‌ها به‌دست آورند.
4. Phytozome – phytozome.jgi.doe.gov
   Phytozome پایگاه داده‌ای برای داده‌های ژنومی گیاهان است و به پژوهشگران امکان می‌دهد تا توالی‌های ژنومی گیاهان مختلف را تحلیل و مقایسه کنند.
5. Bioinformatics.org – www.bioinformatics.org
   Bioinformatics.org پایگاه داده‌ای برای منابع و ابزارهای بیوانفورماتیکی است و به ارائه داده‌ها، ابزارها و آموزش‌های مرتبط با بیوانفورماتیک اختصاص دارد.
6. FlyBase – flybase.org
   FlyBase پایگاه داده‌ای برای اطلاعات ژنومی و بیولوژیکی در مورد Drosophila melanogaster است و به پژوهشگران کمک می‌کند تا داده‌های ژنومیک و بیولوژیکی این مدل حیوانی را تحلیل کنند.
7. WormBase – wormbase.org
   WormBase پایگاه داده‌ای برای اطلاعات ژنومی و بیولوژیکی در مورد Caenorhabditis elegans است و ابزارهایی برای تحلیل داده‌های ژنومی و بیولوژیکی این کرم ارائه می‌دهد.
8. ZFIN – zfin.org
   ZFIN پایگاه داده‌ای برای اطلاعات ژنومی و بیولوژیکی در مورد دوزیستان زبرا است و به پژوهشگران امکان می‌دهد داده‌های مربوط به ژن‌ها و ویژگی‌های بیولوژیکی این مدل حیوانی را بررسی کنند.
9. Rfam – rfam.org
   Rfam پایگاه داده‌ای برای اطلاعات در مورد RNA‌های غیرکدکننده است و به شناسایی و تحلیل موتیف‌های RNA و ساختارهای آن‌ها اختصاص دارد.
10. Gene Ontology Consortium – geneontology.org
    Gene Ontology Consortium پایگاه داده‌ای برای ارائه اصطلاحات و تعاریف مرتبط با توصیف عملکرد و ویژگی‌های ژن‌ها و پروتئین‌ها است و به پژوهشگران کمک می‌کند تا داده‌های بیولوژیکی را به‌طور استاندارد تحلیل کنند.

91 تا 100

1. HomoloGene – www.ncbi.nlm.nih.gov/homologene
   HomoloGene ابزاری برای شناسایی ژن‌های همولوگ در گونه‌های مختلف.
2. Reactome – reactome.org
   Reactome ابزاری برای مسیرهای بیوشیمیایی و فرآیندهای سلولی است و به ارائه مدل‌های دقیق و ابزارهایی برای تحلیل مسیرهای بیوشیمیایی کمک می‌کند.
3. PANTHER – www.pantherdb.org
   PANTHER یک سایت بیوانفورماتیکی و پایگاه داده‌ای برای تحلیل و طبقه‌بندی پروتئین‌ها و ژن‌ها
4. SMART – smart.embl-heidelberg.de
   SMART پایگاه داده‌ای برای شناسایی و تحلیل دامنه‌های پروتئینی است. این ابزار به پژوهشگران کمک می‌کند تا ساختار و عملکرد دامنه‌های مختلف پروتئین‌ها را شناسایی و تحلیل کنند، و اطلاعات دقیقی درباره ویژگی‌های ساختاری پروتئین‌ها ارائه می‌دهد.
5. JASPAR – jaspar.genereg.net
   JASPAR پایگاه داده‌ای برای موتیف‌های تنظیمی و فاکتورهای رونویسی است. این ابزار به شناسایی و تحلیل توالی‌های تنظیمی در DNA کمک می‌کند و به پژوهشگران در پیش‌بینی تعاملات بین فاکتورهای رونویسی و DNA کمک می‌نماید.
6. BioGRID – thebiogrid.org
   BioGRID پایگاه داده‌ای برای تعاملات پروتئینی و ژنومی است. این ابزار اطلاعاتی درباره تعاملات پروتئینی و شبکه‌های بیولوژیکی ارائه می‌دهد و به تحلیل روابط بین پروتئین‌ها و ژن‌ها در سیستم‌های بیولوژیکی کمک می‌کند.
7. InParanoid – inparanoid.sbc.su.se
   InParanoid پایگاه داده‌ای برای شناسایی و تحلیل ژن‌های همولوگ و روابط تکاملی در بین گونه‌های مختلف است. این ابزار به پژوهشگران کمک می‌کند تا روابط تکاملی و همولوژی‌های بین ژن‌ها را تحلیل کنند.
8. TIGRFAMs – www.jcvi.org/cgi-bin/tigrfams/index.cgi
   TIGRFAMs پایگاه داده‌ای برای طبقه‌بندی و تحلیل خانواده‌های پروتئینی.
9. STRING – string-db.org
   STRING پایگاه داده‌ای برای تعاملات پروتئینی.
10. OMA – orthomcl.org
    OMA پایگاه داده‌ای برای تحلیل و شناسایی ژن‌های همولوگ و روابط تکاملی بین ژن‌ها.

آموزش بیوانفورماتیک

همان‌طور که در پست “۱۰۰ سایت بیوانفورماتیکی برتر در تمام دوران” مشاهده کردید، در حوزه بیوانفورماتیک وب‌سایت‌های مختلفی وجود دارد که شما می‌توانید از آن‌ها برای اهداف تحقیقاتی خود استفاده کنید. اما اگر علاوه بر این، به دنبال یادگیری علم بیوانفورماتیک نیز هستید، افتخار این را داریم که استارتاپ کمپ بیوانفورماتیک را به شما معرفی کنیم. کمپ بیوانفورماتیک یک استارتاپ جوان و فعال در زمینه بیوانفورماتیک است که در حال خدمات‌رسانی به دانشجویان، اساتید، و پژوهشگران این حوزه است. همچنین، اگر شما هم به دنبال یادگیری این علم نوپا و جذاب هستید، پیشنهاد می‌کنیم قدم اول را با کلیک کردن بر روی لینک زیر برای آغاز یادگیری این علم بردارید.

قدم اول یادگیری علم بیوانفورماتیک با کمپ بیوانفورماتیک