شبیهسازی دینامیک مولکولی
شبیهسازی دینامیک مولکولی (Molecular Dynamics; MD) روشی محاسباتی برای مطالعه حرکت و برهمکنش اتمها و مولکولها در طول زمان است. در این روش، رفتار سیستمهای مولکولی بر اساس اصول مکانیک کلاسیک شبیهسازی میشود و امکان بررسی تغییرات ساختاری و پویایی مولکولها فراهم میشود.
MD در حوزههایی مانند زیستشناسی ساختاری، بیوشیمی و طراحی دارو کاربرد گستردهای دارد و برای مطالعه موضوعاتی مانند پایداری ساختار پروتئین، تغییرات کنفورماسیونی و برهمکنش پروتئین–لیگاند یا پروتئین–پروتئین استفاده میشود.
دوره آموزش شبیهسازی دینامیک مولکولی
در این دوره، اصول و مراحل انجام شبیهسازی دینامیک مولکولی بهصورت عملی آموزش داده میشود. شرکتکنندگان با آمادهسازی سیستم، اجرای شبیهسازی و تحلیل نتایج آشنا میشوند و کار با ابزارها و نرمافزارهای مرتبط از جمله GROMACS، VMD و NAMD را فرا میگیرند.
در پایان دوره، انتظار میرود شرکتکنندگان بتوانند یک سیستم مولکولی را برای شبیهسازی آماده کنند، مراحل اصلی MD را اجرا کرده و خروجیهای شبیهسازی را تحلیل و تفسیر کنند.
سرفصلهای دوره شبیهسازی دینامیک مولکولی:
مقدمات
- مقدمهای بر شبیهسازی دینامیک مولکولی
- آشنایی با مبانی شبیهسازی دینامیک مولکولی
- آشنایی با اساس کار فورس فیلدها (Force Field)
- معرفی انواع فورس فیلدهای مورد استفاده
- آشنایی با نحوه انتخاب فورس فیلد مناسب
آشنایی با نرمافزارها
- آشنایی با انواع نرمافزارهای شبیهسازی دینامیک مولکولی
- معرفی نرمافزارهای Gromacs, VMD و NAMD
- معرفی انواع فایلهای مورد نیاز برای شبیهسازی پروتئین_لیگاند توسط NAMD و VMD
- تعاریف، اصطلاحات و مراحل شبیهسازی پروتئین_لیگاند توسط NAMD و VMD
آشنایی با پایگاهدادهها
- PDB
- PubChem
- Swiss Param
- Coach
پیشپردازش دادهها
- ویرایش فایل دارو توسط Gauss View قبل از انجام شبیهسازی پروتئین_لیگاند توسط NAMD و VMD
- طراحی سیستم شبیهسازی پروتئین_لیگاند توسط VMD
انجام RUN
- انجام RUN شبیهسازی پروتئین_لیگاند توسط NAMD
- آموزش انجام شبیهسازی توسط NAMD به صورت موازی بر روی GPU و CPU
- آنالیز دادههای خروجی توسط VMD و کدهای دستوری tcl
- آموزش استخراج داده از فایل Log
لینوکس
- آشنایی با سیستمعامل لینوکس و انواع آن
- نصب سیستمعامل لینوکس (Ubuntu)
- آشنایی با محیط ترمینال لینوکس و دستورات اولیه و پیشرفته
- آموزش نصب و فراخوانی بسته نرمافزاری در لینوکس
Gromacs
- آموزش نصب Gromacs در لینوکس
- آموزش فراخوانی Gromacs در لینوکس
- تعاریف، اصطلاحات و مراحل شبیهسازی پروتئین در آب و پروتئین-لیگاند توسط Gromacs
- انواع فایلهای مورد نیاز برای شبیهسازی پروتئین در آب و پروتئین_لیگاند توسط Gromacs
- طراحی سیستم شبیهسازی پروتئین در آب توسط Gromacs
- انجام RUN شبیهسازی پروتئین در آب توسط Gromacs
- آماده سازی پروتئین قبل از انجام شبیهسازی پروتئین_لیگاند توسط Gromacs
- آماده سازی مولکول دارو با Avogadro قبل از انجام شبیهسازی پروتئین_لیگاند توسط Gromacs
- ساخت توپولوژی مولکول دارو برای شبیهسازی پروتئین_لیگاند توسط Gromacs
- ساخت کمپلکس پروتئین_لیگاند برای شبیهسازی توسط Gromacs
- طراحی سیستم شبیهسازی پروتئین_لیگاند توسط Gromacs
- کمینهسازی انرژی کمپلکس پروتئین_لیگاند توسط Gromacs
- متعادلسازی سیستم پروتئین_لیگاند توسط Gromacs
- آنالیز دادههای خروجی شبیه سازی ها توسط کدهای دستوری Gromacs
- آشنایی و کار با Grace (plotting tool)
- تفسیر آنالیزهای شبیهسازی دینامیک مولکولی
- نحوه نمایش آنالیزها برای ارائه در مقالات
سرور محاسباتی
- آشنایی و کار با نرمافزارهای Putty، VNC Viewer،File zilla
- آموزش نحوه اتصال به سرور محاسباتی برای انجام RUN شبیهسازی
- آپلود و دانلود فایلهای مورد نیاز بر روی سرور محاسباتی
- انجام RUN شبیهسازی توسط NAMD بر روی سرور محاسباتی
- انجام RUN شبیهسازی توسط Gromacs بر روی سرور محاسباتی
- آموزش نصب و ستاپ گرومکس بر روی سرور محاسباتی با پردازنده گرافیکی (GPU)
نحوه دسترسی به دوره
این دوره بهصورت پکیج آموزش ویدئویی و با ۶ ماه پشتیبانی آموزشی ارائه میشود. پس از ثبتنام، دسترسی به محتوای دوره از طریق حساب کاربری شما فعال خواهد شد.
لایسنس دوره امکان استفاده روی دو دستگاه، شامل یک کامپیوتر یا لپتاپ و یک تلفن همراه را فراهم میکند. اطلاعات مربوط به لایسنس پس از ثبتنام از طریق پنل کاربری و بخش سفارشها قابل مشاهده خواهد بود.
راهنمای اخذ گواهی پایان دوره:
در کمپ بیوانفورماتیک، یادگیری و کسب مهارت در اولویت قرار دارد و گواهی دوره صرفاً تأییدی بر شرکت و تکمیل دوره آموزشی است. توصیه میکنیم تمرکز اصلی شما بر یادگیری، انجام تمرینها و استفاده از مهارتهای کسبشده در فعالیتهای علمی و پژوهشی باشد.
پس از پایان دوره، در صورت تمایل میتوانید درخواست صدور گواهی شرکت در دوره را با هزینه ۱۹۰ هزار تومان ثبت کنید. گواهیها از طرف کمپ بیوانفورماتیک، به زبان انگلیسی و در قالب فایل PDF صادر شده و در سامانه گواهیهای کمپ بیوانفورماتیک ثبت میشوند. هر گواهی دارای Registration Number اختصاصی است و امکان استعلام آنلاین آن وجود دارد.
برای ثبت درخواست، پس از پایان دوره از طریق پشتیبانی ادمین در تلگرام، واتساپ یا اینستاگرام با ما در ارتباط باشید.
دریافت توصیهنامه
پس از اتمام دوره و دریافت گواهی، میتوانید برای ارائه به دانشگاه یا سایر مؤسسات درخواست توصیهنامه کنید. برای صدور توصیهنامه لازم است حداقل سه ماه از پایان دوره گذشته باشد، تمرینات دوره را تکمیل کرده باشید و پس از دوره نیز فعالیت و ارتباط علمی مؤثری با کمپ بیوانفورماتیک داشته باشید. توصیهنامه بر اساس بررسی فعالیتها و عملکرد شما صادر میشود. برای هر دوره یک توصیهنامه قابل دریافت است و هزینه صدور آن ۲۹۰ هزار تومان است.
درخواست مشاوره
برای کسب اطلاعات بیشتر درباره این دوره درخواست مشاوره خود را ارسال کنید و یا با ما در تماس باشید.
درخواست مشاورهدوره های مرتبط
آموزش نرمافزار هایپرکم در طراحی دارو
هایپرک نرم افزاری برای شیمی محاسباتی و مدلسازی مولکولی برای بیوانفورماتیک کارهاست.
در این دوره با این نرمافزار بیشتر آشنا میشویم.
آموزش طراحی واکسن با رویکرد بیوانفورماتیکی
طراحی واکسن با رویکرد بیوانفورماتیکی امروزه با گسترش کرونا بسیار مورد توجه بوده است. در این کارگاه با تکنیکهای طراحی بیوانفورماتیکی واکسن آشنا شویم.
آموزش طراحی دارو با رویکرد بیوانفورماتیکی
طراحی بیوانفورماتیکی دارو به خاطر کاهش زمان و هزینه تحقیقات طراحی دارو امروزه مورد توجه بوده است. در این کارگاه تکنیکهای طراحی بیوانفورماتیکی دارو آشنا میشویم.
آموزش داکینگ مولکولی در طراحی دارو و واکسن
داکینگ مولکولی در تحقیقات طراحی محصولات زیستی یک بخش جداییناپذیر است. در این کارگاه با تکنیکهای این حوزه آشنا شویم.
