شبیهسازی دینامیک مولکولی
شبیهسازی دینامیک مولکولی تقلیدی از عملکرد سیستم واقعی باگذشت زمان است. این تکنیک بر اساس قوانین فیزیک نیوتنی حاکم بر این برهمکنش‌ها، چگونگی حرکت و چگونگی برهمکنش اتم‌ها را در طی زمان شبیهسازی و پیش‌بینی می‌کند.
شبیهسازی دینامیک مولکولی به‌عنوان ابزاری توانمند و قدرتمند در بسیاری از حوزه‌های تحقیقاتی و رشته‌های علمی کاربرد دارد. مثل:
- بیولوژی
- شیمی
- فیزیک
- علوم مهندسی
- علوم فضایی
- پزشکی
- داروسازی
- و…
این شبیه‌سازی‌ها می‌توانند مکانیسم مولکولی طیف گسترده‌ای از فرآیندهای بیومولکولی مهم را به دست آورند. مثل:
- تغییر کنفورماسیونی
- اتصال لیگاند
- تاخوردگی پروتئین
- و…
اهمیت این علم
توجه کنید که در حالت کلی شبیهسازی دینامیک مولکولی از دو جهت مهم و اساسی زیر مورد توجه است:
- نخست آن‌که، موقعیت و حرکت هر اتم را در هر نقطه از زمان اندازه‌گیری می‌کنند که با هر روش تجربی بسیار دشوار است.
- دوم، شرایط شبیهسازی دقیقاً شناخته‌شده است و می‌توان آن را به‌دقت كنترل كرد.
شبیهسازی MD در سال‌های اخیر، به‌ویژه از دیدگاه زیست‌شناسان مولکولی، بسیار محبوب شده است و به‌طور مکرر در مقالات زیست‌شناسی ساختاری ظاهر می‌شوند. به نحوی که هم برای تفسیر نتایج تجربی و هم برای هدایت کار تجربی مورد استفاده قرار می‌گیرند.
برای انجام شبیه‌سازی‌های MD چندین بسته نرم‌افزاری وجود دارد. ما نیز میتوانیم برحسب نیاز و پروژه تعریف‌شده از آن‌ها استفاده کنیم. از میان نرم‌افزارها، NAMD و VMD و گرومکس به علت سادگی، در دسترس بودن، پیشرفت روزافزون و نیز کاربرپسند بودن، در این کارگاه آموزشی تدریس خواهند شد.
**********************************************
نحوه‌ی مشاهده دوره:
- دوستان عزیز توجه کنید که دوره پیش روی شما به شکل پکیج آموزش ویدیویی + پشتیبانی 6 ماهه خواهد بود.
- بعد از ثبت‌نام، سایت ما یک لایسنس به شما خواهد داد. این لایسنس مختص 2 دستگاه میباشد، یک سیستم لپ‌تاپ‌تان و سیستم دیگر گوشی موبایلتان. و شما میتوانید با لپ‌تاپ و همینطور گوشی موبایلتان به مطالب دوره دسترسی داشته باشید.
- این لایسنس بعد از ثبت‌نام، در پنل‌کاربری‌تان و بخش سفارش‌ها قابل مشاهده خواهد بود.
- راه ارتباطی و رفع اشکال:
- توجه کنید در پنل‌تان یک لینک آمده است با عنوان پشتیبانی استاد که راه ارتباطی با استاد در داخل آن قرار گرفته است. شما همه‌روزه میتوانید سوالات و اشکالات خودتان در مورد دوره را از استاد بپرسید.
- همچنین در پنل‌تان یک لینک آمده است با عنوان پشتیبانی ادمین (تلگرام، واتساپ یا اینستاگرام) که راه ارتباطی با ادمین در داخل آن قرار گرفته است. شما هر سوال دیگری در مورد کمپ بیوانفورماتیک، دوره‌های دیگر کمپ بیوانفورماتیک، مدارک و… داشتید میتوانید از ادمین بپرسید.
**********************************************
راهنمای اخذ گواهی پایان دوره:
دوستان عزیز در مرحله‌ی اول حتما به فکر افزایش آگاهی خود و ارائه مقاله باشید سپس به فکر مدارک. چرا که مدارک بدون آگاهی در هیچ کجای دنیا برای شما کارساز نخواهد بود. حال در کنار این بحث زمینه‌ای برای شما فراهم کرده‌ایم تا بتوانید یک گواهی بعد از پایان دوره دریافت کنید. بعد از پایان دوره برای کسانی که درخواست صدور مدرک دارند؛ از طرف کمپ بیوانفورماتیک و با هزینه 90 هزارتومان گواهی شرکت در دوره صادر خواهد شد.
بعد از پایان دوره برای ثبت درخواست صدور مدرک‌تان لطفا به پشتیبانی ادمین (تلگرام، واتساپ یا اینستاگرام) پیام دهید
توجه کنید که در گذشته بسیاری از دانشجویان ما از این مدارک در پروسه اپلای و ارائه به سفارت استفاده کرده‌اند، برای مشاهده این موارد لطفا به هایلایت “مدارک” از اینستاگرام کمپ بیوانفورماتیک مراجعه کنید.
توجه کنید که مدارک کمپ بیوانفورماتیک، در قالب فایل PDF و به زبان انگلیسی بوده و نیاز به ترجمه ندارد، همچنین در سایت مدارک کمپ بیوانفورماتیک ثبت میشود، که شما میتوانید در هرکجای دنیا و با یک registration number اختصاصی، مدارک خودتان را به شکل آنلاین استعلام بگیرید.
**********************************************
دریافت توصیه‌نامه
پس از اتمام دوره و دریافت مدرک، میتوانید برای ارائه به دانشگاه یا سفارت موردنظر خود درخواست توصیه‌نامه کنید. برای صدور توصیه‌نامه، لازم است مدرک دوره را دریافت کرده باشید، حداقل یک ماه از پایان دوره گذشته باشد، و پس از دوره نیز ارتباط فعالی با کمپ بیوانفورماتیک داشته باشید. همچنین باید تمرینات دوره را انجام داده و فعالیت‌های مثبتی از خود نشان دهید تا بر اساس آن توصیه‌نامه صادر شود. دقت کنید که برای هر دوره، تنها یک توصیه‌نامه ارائه میشود و هزینه صدور آن ۱۲۰ هزار تومان است.
**********************************************
سرفصل‌های دوره شبیهسازی دینامیک مولکولی:
مقدمات
- مقدمه‌ای بر شبیهسازی دینامیک مولکولی
- آشنایی با مبانی شبیهسازی دینامیک مولکولی
- آشنایی با اساس کار فورس فیلدها (Force Field)
- معرفی انواع فورس فیلدهای مورد استفاده
- آشنایی با نحوه انتخاب فورس فیلد مناسب
آشنایی با نرم‌افزارها
- آشنایی با انواع نرم‌افزارهای شبیهسازی دینامیک مولکولی
- معرفی نرم‌افزارهای Gromacs, VMD و NAMD
- معرفی انواع فایل‌های مورد نیاز برای شبیهسازی پروتئین_لیگاند توسط NAMD و VMD
- تعاریف، اصطلاحات و مراحل شبیهسازی پروتئین_لیگاند توسط NAMD و VMD
آشنایی با پایگاه‌داده‌ها
- آشنایی و کار با پایگاه داده‌های PDB ، PubChem ، Swiss Param ، Coach
پیش‌پردازش داده‌ها
- ویرایش فایل دارو توسط Gauss View قبل از انجام شبیهسازی پروتئین_لیگاند توسط NAMD و VMD
- طراحی سیستم شبیهسازی پروتئین_لیگاند توسط VMD
انجام RUN
- انجام RUN شبیهسازی پروتئین_لیگاند توسط NAMD
- آموزش انجام شبیهسازی توسط NAMD به صورت موازی بر روی GPU و CPU
- آنالیز داده‌های خروجی توسط VMD و کدهای دستوری tcl
- آموزش استخراج داده از فایل Log
لینوکس
- آشنایی با سیستم‌عامل لینوکس و انواع آن
- نصب سیستم‌عامل لینوکس (Ubuntu)
- آشنایی با محیط ترمینال لینوکس و دستورات اولیه و پیشرفته
- آموزش نصب و فراخوانی بسته نرم‌افزاری در لینوکس
Gromacs
- آموزش نصب Gromacs در لینوکس
- آموزش فراخوانی Gromacs در لینوکس
- تعاریف، اصطلاحات و مراحل شبیهسازی پروتئین در آب و پروتئین-لیگاند توسط Gromacs
- انواع فایل‌های مورد نیاز برای شبیهسازی پروتئین در آب و پروتئین_لیگاند توسط Gromacs
- طراحی سیستم شبیهسازی پروتئین در آب توسط Gromacs
- انجام RUN شبیهسازی پروتئین در آب توسط Gromacs
- آماده سازی پروتئین قبل از انجام شبیهسازی پروتئین_لیگاند توسط Gromacs
- آماده سازی مولکول دارو با Avogadro قبل از انجام شبیهسازی پروتئین_لیگاند توسط Gromacs
- ساخت توپولوژی مولکول دارو برای شبیهسازی پروتئین_لیگاند توسط Gromacs
- ساخت کمپلکس پروتئین_لیگاند برای شبیهسازی توسط Gromacs
- طراحی سیستم شبیهسازی پروتئین_لیگاند توسط Gromacs
- کمینه‌سازی انرژی کمپلکس پروتئین_لیگاند توسط Gromacs
- متعادل‌سازی سیستم پروتئین_لیگاند توسط Gromacs
- آنالیز داده‌های خروجی شبیه سازی ها توسط کدهای دستوری Gromacs
- آشنایی و کار با Grace (plotting tool)
- تفسیر آنالیزهای شبیهسازی دینامیک مولکولی
- نحوه نمایش آنالیزها برای ارائه در مقالات
سرور محاسباتی
- آشنایی و کار با نرم‌افزارهای Putty، VNC Viewer، File zilla
- آموزش نحوه اتصال به سرور محاسباتی برای انجام RUN شبیهسازی
- آپلود و دانلود فایل‌های مورد نیاز بر روی سرور محاسباتی
- انجام RUN شبیهسازی توسط NAMD بر روی سرور محاسباتی
- انجام RUN شبیهسازی توسط Gromacs بر روی سرور محاسباتی
- آموزش نصب و ستاپ گرومکس بر روی سرور محاسباتی با پردازنده گرافیکی (GPU)
**********************************************
لطفا بعد از ثبت‌نام در دوره شبیهسازی دینامیک مولکولی برای اضافه شدن به کلوپ وفاداران کمپ بیوانفورماتیک، در اینستاگرام به ما پیام دهید.
درخواست مشاوره
برای کسب اطلاعات بیشتر درباره این دوره درخواست مشاوره خود را ارسال کنید و یا با ما در تماس باشید.
درخواست مشاورهدوره های مرتبط
آموزش نرم‌افزار هایپرکم در طراحی دارو
هایپرک نرم افزاری برای شیمی محاسباتی و مدل‌سازی مولکولی برای بیوانفورماتیک کارهاست.
در این دوره با این نرم‌افزار بیشتر آشنا میشویم.
آموزش طراحی دارو با رویکرد بیوانفورماتیکی
طراحی بیوانفورماتیکی دارو به خاطر کاهش زمان و هزینه تحقیقات طراحی دارو امروزه مورد توجه بوده است. در این کارگاه تکنیک‌های طراحی بیوانفورماتیکی دارو آشنا میشویم.
آموزش داکینگ مولکولی در طراحی دارو و واکسن
داکینگ مولکولی در تحقیقات طراحی محصولات زیستی یک بخش جدایی‌ناپذیر است. در این کارگاه با تکنیک‌های این حوزه آشنا شویم.
آموزش منطق و مبانی علم بیوانفورماتیک
در این دوره “منطق و مبانی علم بیوانفورماتیک” را فرا خواهیم گرفت.
